از زمان طرح نظريه ولايت فقيه به صورت جدى از سوى حضرت امام(ره) عده‌اى به مخالفت با آن پرداختند و سعى کردند از اين نظريه چهره‌اى مستبدانه و منسوخ شده بسازند. اما اين نظريه از چنان استدلال و پشتوانه معرفتى قوى برخوردار بود که هيچ کس را ياراى مقابله با آن نبود. اين نظريه به تمام شبهات وانتقادات پاسخ داد و به همين دليل است که به‌عنوان يکى از نظريات پويا و مدرن در جهان مطرح است. امام(ره) با نظريه ولايت فقيه دسته بندى‌هاى رايج ‌آن زمان در ارتباط با انواع حکومت‌ها را شکست. امام(ره) اثبات کرد که حکومت‌ها صرفا ليبراليستى و يا صرفا فاشيستى نيست بلکه مى‌تواند نوعى ديگر از حکومت رانيز به دنيا معرفى کرد. حکومتى که نه بر اساس خواست و سليقه اکثريت مردم ونه بر اساس خواست وسليقه يک نفر اداره جامعه را برعهده مى‌گيرد. حکومتى که به جاى اين دو بر اساس خواست واداره الهى شکل مى‌گيرد و مردم حکم مى‌راند. حکومتى که در آن خدا حاکم مردم است ونه مردم حاکم مردم يا يک فرد حاکم بر تمام مردم. در اين حکومت تنها کسى مى‌تواند حکمرانى کند که از خداى متعال اذن گرفته باشد و تمام شرايط حکومت بر مردم را داشته باشد. در حکومتى که خدا در راس آن باشد و حکومت او از طريق برگزيدگانش در جامعه جارى وسارى مى‌گردد. استبداد معنا ندارد چرا که اساسا دين‌دار بودن در تضاد مطلق با مستبد بودن است. عده‌اى که قادر به تفکر خارج از چارچوب‌هاى بشرى بريده از معنويت نيستند از همان ابتدا حکومت اسلامى وولايت مطلقه فقيه را دردسته حکومت‌هاى فاشيستى قرار دادند و به تجزيه وتحليل آن پرداختند غافل ازاينکه ولايت فقيه را هيچ تناسب و سازگارى با فاشيسم نيست چرا که او منشا آسمانى دارد و فاشيسم منشا زميني.

استنباط اين دسته از افراد اين بود که چون از لفظ مطلقه استفاده شده لذا ولى فقيه قدرت مطلقه دارد و مى‌تواند در همه امور هر گونه که تشخيص مى‌دهد دخالت کند در حالى که لفظ مطلقه در اينجا به معناى آزاد بودن به انجام هر کارى يا عملى و يا صدور هر حکمى نيست. لفظ مطلقه در اينجا به يک معنا اين را مى‌رساند که ولى فقيه در حکومت اسلامى مسبوط لليد است وهمچون حکومت‌هاى گذشته دست او براى اعمال ولايت در امورمختلف مسلمين بسته نيست. ولى فقيه در حکومت اسلامى مى‌تواند با همان اختياراتى که امام معصوم(ع) داشته اعمال ولايت کند و جامعه را بر اساس معيارهاى اسلامى تا ظهور امام معصوم (ع) اداره نمايد و حکم خدا را در جامعه اجرا نمايد. وقتى که امام خميني(ره) مى‌فرمايند ولايت فقيه همان ولايت رسول‌الله(ص) است يعنى ولى فقيه در عصر غيبت همان اختياراتى را دارد که پيامبر اسلام(ص) در زمان خود داشته‌اند. نبايد اين نکته فراموش شود که ولى فقيه مجرى احکام اسلام است و لذا ولايت مطلقه فقيه به معناى آن نيست که فقيه بدون در نظر گرفتن هيچ مبنا و ملاکى تنها وتنها بر اساس سليقه و نظر شخصى خود عمل مى‌کند و هر چه دلش خواست انجام مى‌دهد و هوى وهوس واميال شخصى اوست که حکومت مى‌کنند. مبناى تصميم‌گيرى ‌ها وانتخاب‌ها و عزل ونصب‌ها و کليه کارهاى ولى فقيه، احکام اسلام وتامين مصالح جامعه اسلامى و رضايت خداوند متعال است وبايد اين چنين باشد اگر ولى فقيهى از اين مبنا عدول کند خود به خود صلاحيت خود را از دست مى‌دهد و هيچ يک از تصميمات او؟ نخواهد بود. ولى فقيه تا زمانى که در دايره شرع مقدس حرکت مى‌کند مورد پذيرش مسلمين است و لذا ولى فقيه با تمام اختياراتى که دارد نمى‌تواند خلاف قانون اسلام عمل کند. بنابرانى همه کسانى که سعى دارند ولى مطلقه فقيه را نوعى حکومت فاشيستى يا ديکتاتورى معرفى کنند هيچ دليل ومدرک مورد پذيرشى براى اين ادعاى خود ندارند.