مجموعه بقعه شيخ صفي‌الدين اردبيلي درگذشته داراي نفايس بسياري بوده كه بخش عمده‌اي از آنها به خارج از مجموعه انتقال يافته‌اند. علاوه بر نفايسي كه در دهه‌هاي گذشته به سبب نبود امنيت لازم يا هر دليل ديگري به تهران منتقل شده‌اند و امروزه توجيهي براي عدم بازگشت آنها به جاي اوليه وجود ندارد، بخش زيادي از آثار نفيس مانند قالي اردبيل به خارج از كشور برده شده‌اند. از ميان اين آثار بايد به كتاب‌هاي خطي اهدايي به مزار شيخ‌صفي اشاره كرد كه در 5 بهمن ماه سال 1206 هـ . ش هنگام تصرف اردبيل به وسيله سپاهيان روس به غارت رفتند. اكنون كسي به درستي نمي‌داند كه تعداد كتاب‌هاي غارت شده دقيقاً چقدر بوده است، اما در 1231 هـ. ش فردي به نام «درن» فهرستي از نسخه‌هاي خطي كتابخانه «شچدرين» در شهر لنينگراد را منتشر ساخت و معلوم شد كه 166 جلد از كتاب‌هاي بقعه شيخ صفي در اين كتابخانه نگهداري مي‌شود. مرحوم محمدتقي دانش‌پژوه نيز در 1358 فهرست كامل آنها را در ايران انتشار داد. اين اقدام موجب شد كه 14 سال بعد در 1372، امام جمعه، مسوولان دولتي و معاريف شهر اردبيل از دولت بخواهند تا براي بازگرداندن نسخه‌هاي خطي بقعه شيخ صفي تلاش كند. در پاسخ به اين درخواست سازمان ميراث فرهنگي سابق موضوع را در دستور كار قرار داد و از وزارت امورخارجه خواست تا موضوع را در مذاكرات مختلف با دولت روسيه مطرح سازد.تلاش‌هاي نه‌چندان گسترده وزارت امور خارجه منجر به آن شد كه ميكرو فيلم كتاب‌هاي درخواستي در اواخر دهه 70 از سوي كتابخانه ملي سن‌پترزبورگ تحويل مقامات ايراني شود. اما از آن پس موضوع به فراموشي سپرده شد و گنجينه‌هاي غارت شده بقعه شيخ صفي، همچنان در روسيه باقي مانده است.شيخ صفي‌الدين اردبيلي در سال 650 هـ.ق ولادت يافت. پدرش «امين‌الدين جبرائيل» كشاورزي بود كه زندگي پارسا منشانه‌اي داشت. مطابق تواريخ رسمي صفويه، نشانه‌هاي بزرگي از همان كودكي در صفي‌الدين هويدا بود و به جاي بازي با كودكان ديگر، به نماز و روزه مي‌پرداخت.

قديمي‌ترين بخش مجموعه، حرم‌خانه است. اين بخش ده سال پيش از مرگ شيخ‌صفي‌الدين يعني به سال 725 هـ.ق ساخته شد تا همسر و دختر شيخ در آن به خاك سپرده شوند. شايد از همين رو بود كه اين ساختمان به حرم‌خانه معروف شد. در حرم‌خانه ده قبر وجود دارد كه البته تعدادي از آنها به مردان اختصاص دارند. با اين حال آن‌گونه كه سياحان خارجي روايت كرده‌اند، در گذشته ورودبه حرم‌خانه براي مردان ممكن نبوده است. گنبد‌الله الله كه به سبب نقش كلمه الله بر ساختمان مدور و برج مانند آن، بدين نام خوانده مي‌شود، محل دفن شيخ‌صفي‌الدين اردبيلي است. گفته مي‌شود كه اين محل در زمان حيات شيخ، محل خانقاه و مسكن وي بوده و بعد از مرگ در همان‌جا به خاك سپرده شده است. ساخت اين بنا به سال 735 هـ.ق به دستور شيخ صدرالدين موسي آغاز شد و ده سال به طول انجاميد. علاوه بر شيخ صفي‌الدين، فرزندش صدرالدين موسي، سلطان حيدر (پدرشاه اسماعيل صفوي) و شيخ ابراهيم (نوه صدرالدين) نيز زير گنبد‌الله‌الله در خاك خفته‌اند.بدنه خارجي برج آرامگاه، يكسره با كلمه «الله» به خط بنايي و از كاشي فيروزه‌اي پوشيده شده و ديوارهاي داخلي با پارچه‌هاي نقاشي شده كه به ديوار ميخكوب شده‌اند، زينت يافته است. از ديگر نفايس گنبد‌الله‌الله صندوق مرقد شيخ صفي‌الدين است كه با خاتم‌كاري و منبت‌كاري آراسته شده. اين صندوق در گذشته بست‌هايي از طلاي مرصع داشته و حروف كتيبه آن طلا‌كاري بوده است، اما امروزه از اين تزئينات تنها قسمت اندكي باقي مانده. همچنين در گذشته صندوق را با زري‌هاي گرانبها مي‌پوشانده‌اند و ظروف و زيورهاي طلا و جواهر بر آن مي‌گذاشته‌اند. اين روپوش‌هاي نفيس در سال 1314 هـ.ش به تهران منتقل شد.

قنديل‌خانه كه رواق بقعه و دارالحفاظ نيز خوانده مي‌شود، بنابر شواهد موجود در فاصله سال‌هاي 745 تا 765 هـ.ق ساخته شده و از كار‌هاي صدرالدين موسي است.

البته بعد‌ها در زمان سلطنت شاه عباس يا احتمالاً جد او (شاه تهماسب) قنديل‌خانه دچار تغييراتي شد و به صورت يك رواق بزرگ درآمد. قنديل‌خانه در گذشته داراي سقف گنبدي‌شكل بود كه در حدود سال 1251 هـ ق فروريخت و بيست سال بعد سقف مسطحي جايگزين آن شد. در زير گنبد يادشده قالي معروف اردبيل كه يكي از شاهكارهاي هنر فرش ايران است، گسترده شده بود. اين قالي با 77/60 مترمربع مساحت (34/5*38/11) به سال 946 هـ ق به دستور شاه تهماسب و به دست فردي به نام «مقصود كاشاني» بافته شد، اما در سال 1307 هـ ق براي مخارج تعمير بقعه فروخته شد و تاجري تبريزي آن را به خارج از كشور برد. اين قالي اكنون در يكي از موزه‌هاي انگستان نگهداري مي‌شود.

سابقاً در قنديل‌خانه رحل‌هاي خاتم‌كاري و قرآن‌هاي خطي نفيسي وجود داشت كه در سال 1314 هـ ش به تهران منتقل شد.

چله‌خانه از ديگر بخش‌هاي مجموعه مزار شيخ صفي‌الدين اردبيلي است كه البته به نسبت ساير بخش‌ها در طول زمان آسيب فراوان ديده است. احتمالاً در زمان حيات شيخ صفي‌الدين، چله‌خانه‌اي در اين محل وجود داشته،‌ اما بعدها در زمان صدرالدين موسي چله‌خانه جديدي جايگزين آن شده است. چيني‌خانه از زيباترين و معروف‌ترين بخش‌هاي مجموعه شيخ صفي‌الدين اردبيلي است كه در حال حاضر به عنوان موزه از آن استفاده مي‌شود. اين قسمت نيز مانند ساير بخش‌هاي اصلي مجموعه در زمان شيخ صدرالدين موسي ساخته شد. گفته‌اند كه در ابتدا ميدان دراويش بود، اما بعدها شاه‌عباس صفوي (1038-996 هـ ق) آن را بدل به يك عمارت مجلل كرد تا چيني‌ها، كتاب‌هاي اهدايي خود به آستانه را در آنجا نگاهداري كنند، از همين‌رو چيني‌خانه‌ معروف شد. فضاي داخلي چيني‌خانه شبيه به فضاي اتاق‌هاي فوقاني عمارت عالي‌قاپوي اصفهان است، يعني تعداد زيادي طاقچه در ديوارها ايجاد كرده‌اند تا ظروف چيني را در آنها قرار دهند. متاسفانه بخش بزرگي از ظروفي كه در چيني‌خانه نگاهداري مي‌شد در زمان فتحعلي‌شاه و به هنگام اشغال اردبيل توسط روس‌ها به دست سپاهيان آنها به غارت رفت.شهيدگاه محل دفن كساني بود كه اندكي پيش از تاسيس سلسله صفويه در جنگ‌هاي شيروان در ركاب سلطان حيدر و شاه اسماعيل كشته شدند. از آنجا كه اينان فدايي آرمان‌هاي صفويه بودند، مزارشان از اهميت بسياري در دوره صفويه برخوردار بود و بسياري از سرداران و سپاهيان صفوي را در اينجا به خاك مي‌سپردند. در دوره‌هاي اخير بي‌توجه به اهميت تاريخي شهيدگاه، بسياري از سنگ مزارهاي آن را از جا كنده و در ساختمان سربازخانه اردبيل به كار گرفتند. بخشي از گورستان از دوره قاجار به تصرف همسايگان مجموعه درآمد و در سال 1327 هـ ش دبستاني در قسمت شمالي آن ساخته شد. بنابراين شهيدگاه امروزي به مراتب كوچكتر از آن چيزي است كه در دوره صفويه بوده است.

چنين مي‌نمايد كه ثبت احتمالي بقعه شيخ‌صفي‌الدين اردبيلي در فهرست ميراث طبيعي و فرهنگي جهاني، اين فرصت را فراهم آورد كه استرداد كتاب‌هاي به‌غارت رفته از آن در كانون توجه جهاني قرار گيرد و در صورت پيگيري مجدانه از سوي مقامات ايراني، دولت روسيه براي بازگرداندن آنها رغبت بيشتري پيدا كند. آيا اين فرصت فراهم خواهد آمد و از آن بهره‌اي برده خواهد شد يا همچون بسياري فرصت‌هاي ديگر از دست خواهد رفت؟!